遊戲一開始就要操作林克，這個時候的林克是滿狀態的，一路上跟著塞爾達走.。
隨著往下走，瘴氣越來越濃，但是對於林克和塞爾達兩人來說卻無關要緊，我們就繼續往下走吧。
林克身上的大師之劍在發光，看來背後肯定有什麼原因，自從封印了襲擊海拉魯的災厄之後，城堡就一直被擱置著，我們就繼續前進吧。
在這裡會發生各種關於左納烏文明的事情，據流傳，左納烏是存在於遠古神話時代的文明，傳說其擁有如神明般的力量，在天空之上繁榮一時，雖說許多歷史書都提到了左納烏文明，但是其全貌卻並不明晰，謎團重重。
在深處會看到怪物，揮劍擊殺觸發劇情，這裡有塊石壁，記錄著當年封印戰爭的全貌，我們聽著塞爾達敘說石壁上的事蹟，之後再繼續往下面走。
在下面終於見到了宣傳片那個骷髏頭了，之後觸發劇情，骷髏頭利用瘴氣要襲擊塞爾達，被林克擋住了，還把滿血的林克吸收掉成3顆血了，時候發生的一切就按照劇情那樣，城堡飛天，林克救不到塞爾達，期間他的右手臂還被腐蝕了，擁有了新的能力。。
一切回到了原點，全身赤裸穿著一條褲衩，貌似手臂擁有自我意識，還會對話，先不管了，走過去，撿去腐蝕的大師之劍吧。
砍掉攔著的樹木，前面有個圓圈的石頭環機關，摸一下就打開門了。
跳下水裡遊，然後爬上去，一路上這樣走到底。
打開寶箱，撿到了殘舊的鞋子，走出外面，跳下去吧。
塞爾達傳說王國之淚的故事正式開啟！
從水裡遊上來，順便在路上撿一些天空蘑菇，和蘋果，把前面的小怪給擊殺了。
有個管家魔像，點擊一下，就可以獲得普爾亞平板，這東西就是指示我們前進的方向，是個非常重要的物品，跟關鍵魔像對話，得知這裡是時之庭，前面那裡就是時之神殿，在很久以前，這裡是舉行王國祭祀活動的地方，而如今卻蕭條了許多。
在於管家魔像聊了一會就結束了，我們繼續往前走，然後跳下來吧。
把兵隊魔像給擊殺了，這裡周邊有一些鳥類，我們可以把這些鳥類給擊殺掉，獲得一些獸肉。
前面有個篝火，我們可以把蘋果、天空的蘑菇、獸肉這些丟到旁邊烤一會，這樣就能獲得烤熟的食物了，恢復的效益也會較高。之後游泳過去，來到了塞爾達被關神殿這裡。
在進入神殿之前，前面有個兵隊魔像，把它給擊敗了再說，這個怪物會有盾牌，打敗之後就可以獲得盾牌武器了。
擊敗後要準備開啟神殿的封印，缺被大門前的封印給反彈了，正一籌莫展的時候，身後響起了一個聲音，而這個聲音就是我們在覺醒室之前聽到的，那就是林克手上右臂的以前的主人，名字叫做勞魯，按道理來說，神殿的封印是可以開啟大門的，但不知為何卻打開不了。
於是乎他推薦我們去另外一個地方，要我們去尋找恢復右臂的力量。