玩家將遊戲更新至 1.4.0 版本後，將能夠進行備份遊戲存檔的設置。設置好之後，當且僅限 Switch 主機損壞或遺失時，將能恢復保存數據。
備份資料無法任意地由玩家復原。如遇主機故障需要聯絡任天堂維修服務中心，如遺失主機則需要聯繫任天堂顧客服務支援。
玩家設置完備份存檔後，在不玩遊戲的時候（比如主機休眠期），只要連接到互聯網，就會定期地寄存保存數據。今後再次進入遊戲開始界面時畫面左下角會顯示最後保存的數據的時間。
備份數據服務僅面向任天堂 Switch 會員開放，存檔轉移功能目前暫未上線。
具體操作方法：
進入遊戲開始界面時，按 「-」 號後與狸克對話即可進行備份遊戲存檔的設置。
相關說明
一座島嶼只能有一個備份。由於目前遊戲為「一台機器一座島嶼」的設定，所以備份的這份存檔包含了該主機上所有賬號的數據。在一台主機多個賬號的情況下，只要其中一個賬號開通了任天堂 Switch 會員，即可進行存檔備份。
每台主機的存檔是互相獨立的。如果玩家是一個賬號在多台主機上遊玩《集合啦！動物森友會》，每台主機均可以進行存檔備份
會員到期後將無法繼續備份存檔。備份的存檔在會員失效後 180 天內依舊保留，只要在此期間內續費會員，即可下載之前備份過的存檔。
